Nació en Tlalmanalco, Estado de México, el 04 de abril de 1836. Hijo de los señores Don José María Morales y Doña Carmen Córdova. En el bautismo recibe el nombre de Isidoro.

En octubre de 1849, a la edad de 13 años y medio, Isidoro ingresa en calidad de donado en el Colegio Apostólico de Pachuca, Hidalgo, a la Orden de Frailes menores.

A los 15 años de edad fue admitido al noviciado, recibiendo el nombre de José Del Refugio. El 16 de mayo de 1852 finaliza el noviciado y realiza la profesión de votos solemnes a los 16 años de edad. Posteriormente estudió Filosofía y teología.

El 8 de julio de 1860 recibe el sacramento del orden sacerdotal a la edad de 24 años, haciendo los votos de pobreza, castidad, obediencia, clausura y caridad.

Durante su vida se esforzó por ser imagen perfecta de Jesucristo, mismo ideal que inculcó a sus hijas espirituales, las Hijas del Corazón de María.

Finalmente, el 13 de abril de 1894 entregó su alma al Señor.